Die Stoffstrombilanz wird schrittweise eingeführt. Bereits ab 2018 müssen alle Betriebe mit mehr als 50 Großvieheinheiten oder mit mehr als 30 Hektar landwirtschaftlicher Nutzfläche bei einer Besatzdichte von jeweils mehr als 2,5 Großvieheinheiten je Hektar eine Stoffstrombilanz erstellen. Das heißt, es trifft in erster Linie viehstarke Betriebe mit einer hohen Besatzdichte. Darüber hinaus sind ab diesem Jahr aber auch schon kleinere viehhaltende Betriebe betroffen, wenn sie Wirtschaftsdünger von anderen Landwirtschaftsbetrieben aufnehmen.
Um kleine Betriebe zu entlasten, sieht die Verordnung Bagatellgrenzen vor. So müssen viehhaltende Betriebe nur dann eine Stoffstrombilanz erstellen, wenn sie mehr als 750 Kilogramm Gesamtstickstoff aus betriebsfremden Wirtschaftsdüngern beziehen. Als viehhaltend gelten dabei solche Betriebe, bei denen mehr als 750 Kilogramm Stickstoff aus Wirtschaftsdüngern tierischer Herkunft anfällt. Ackerbaubetriebe, beispielsweise, die nebenbei einen kleinen Mobilhühnerstall betreiben oder ein paar Schafe zur Beweidung von Grünlandflächen halten, sind also nicht betroffen.
Zur Stoffstrombilanz verpflichtet sind ab 2018 außerdem Betriebe mit Biogasanlage, wenn sie Wirtschaftsdünger aus anderen Betrieben beziehen. Klassische Ackerbaubetriebe dagegen, auch wenn sie Wirtschaftsdünger aufnehmen, müssen (noch) keine Stoffstrombilanz erstellen.