Eine weitere Möglichkeit, Humus am Standort zu erhalten und aufzubauen, ist der Anbau von Zwischenfrüchten: Dies können zum Beispiel Ölrettich, Phacelia, Rauhafer oder Ramtillkraut sein, die nach der Ernte der Hauptfrucht ausgebracht werden. Gut geeignet sind auch Mischungen.
Alternativ können bereits mit der Hauptfrucht Untersaaten angebaut werden, zum Beispiel Weidelgras oder Rotschwingel für Winterungen. Winterroggen, Wintertriticale und Winterweizen eignen sich sehr gut als Deckfrucht. Weiß-und Rotklee sind als Frühjahrsuntersaaten für Sommerungen geeignet.
Zwischenfrüchte halten Nährstoffe zurück. Durch die aufwachsende oberirdische Biomasse und die Wurzeln wird dem Boden außerdem organisches Material zugeführt, das zu Humus wird. Dies ist insbesondere der Fall, wenn die Biomasse der Zwischenfrüchte auf der Fläche verbleibt. Auch nach späträumenden Kulturen sollte deshalb Zwischenfruchtanbau in Betracht gezogen werden.
Sonderfall Zwischenfruchtanbau in Trockengebieten
Auch in Bereichen mit geringen Jahresniederschlägen unter 600 mm lässt sich über einen angepassten Zwischenfruchtanbau ein Humusaufbau über die Wurzelmasse erreichen, ohne dass dadurch ein Ertragsrückgang bei der Hauptfrucht auftreten muss.
In sehr trockenen Jahren wird durch eine verbesserte Speicherung der Winter- und Frühjahrs-Wasservorräte tendenziell sogar eine Ertragsstabilisierung erreicht. Dies gilt besonders für leichte Böden.