Die Kürzung des Düngebedarfs um 20 Prozent bei Stickstoff erfordert in den nitratbelasteten Gebieten eine Optimierung der Dünge- und Fruchtfolgestrategie. Eine Erweiterung der Fruchtfolge um Leguminosen und Sommerungen kann für viele Betriebe sinnvoll sein.
Zudem gilt es, die berechnete Gesamtstickstoffmenge für alle Flächen in den roten Gebieten zwischen den Kulturen klug aufzuteilen. Der Gesetzgeber erlaubt einen Ausgleich zwischen den einzelnen Kulturen, sodass nicht auf jedem einzelnen Schlag in den belasteten Gebieten die Stickstoffdüngung um 20 Prozent reduzieren werden muss. Allerdings muss in der Summe eine Reduktion von 20 Prozent auf den Betriebsflächen in den belasteten Gebieten gegeben sein.
Besonders Winterweizen, Wintergerste und Raps reagieren mit Ertrags- und Qualitätsverlusten auf eine Stickstoffversorgung unter Bedarf. Wenn möglich, sollten sie voll ausgedüngt werden. Roggen und Triticale hingegen besitzen eine sehr gute Nährstoffaneignung, so dass sie auf eine reduzierte Düngung mit geringeren Ertragsverlusten reagieren. Aufgrund ihrer guten Stickstoffeffizienz können Zuckerrüben Stickstoffmengen an andere Kulturen abgeben, unter günstigen Bedingungen auch Mais. Leguminosen kommen in der Regel ohne eine Stickstoffdüngung aus.
Auch die Form des Stickstoffs hat einen Einfluss auf die Düngewirkung. Der Einsatz von so genannten stabilisierten Düngern kann dazu beitragen, Stickstoffverluste im Boden und über die Luft zu verhindern und die Effizienz der Düngung zu verbessern. Urease- und Nitrifikationsinhibitoren verlangsamen die Umwandlungsprozesse des Stickstoffs im Boden. Mit einem Ureasehemmer versehener Harnstoff wird beispielsweise um bis zu zwei Wochen langsamer zu Ammonium umgewandelt. Nitrifikationshemmer sorgen dafür, dass Ammonium deutlich langsamer in Nitrat umgewandelt wird. Dadurch wird unter anderem eine Auswaschung von Stickstoff bei Extremwetter vermieden. Bei Wirtschaftsdüngern wie Gülle und Gärresten wird dieser Effekt durch eine Ansäuerung erreicht.
Die optimale Versorgung mit allen anderen für die Pflanzen wichtigen Nährstoffen gewinnt in der Kulisse der Düngeverordnung an Bedeutung. Ein Mangel kostet Ertrag. Bei Wintergetreide begrenzt ein Mangel an Phosphat die Bestockung. Eine optimale Schwefelversorgung ist Voraussetzung für eine hohe N-Effizienz. Im Frühjahr sind Nmin- und Smin-Analysen geeignet, den Vorrat an Stickstoff und Schwefel im Boden zu bestimmen und daraus den Düngebedarf abzuleiten.
Weitere Messungen der Pflanzenversorgung während der Vegetationsperiode, beispielsweise über Blattanalysen, können helfen, die Düngung optimal an Witterung und Wachstum der Kulturpflanzen anzupassen. Auch der Anbau von Zwischenfrüchten ist ein Instrument, um hohe Nmin-Werte nach der Ernte zu vermeiden und die Nährstoffe für die Folgefrucht zu konservieren.