Die Biogasanlage des Betriebes verfügt über einen Trockenfermenter. Das bedeutet, dass sie lediglich mit pflanzlichen Feststoffen wie Mais, anderem Getreide und Festmist statt mit Gülle betrieben werden darf. Dieses energiesparende System sollte ursprünglich den Getreidemarkt entlasten und die hohe Transporteffizienz von Getreide nutzen. Die festen Bestandteile werden getrocknet und dienen als hochwertiger Wirtschaftsdünger, während die flüssigen Gärreste zurück in den Fermenter gehen.

Mit der Abwärme der Biogasanlage kann Körnermais, Getreide und Scheitholz getrocknet werden. Dies wird als externe Leistung über den eigenen Agrarhandel angeboten. Moderne Technik, zum Beispiel bei der Ausbringung von Pflanzenschutzmitteln, sowie die eigene Saatgutvermehrung und -aufbereitung tragen zusätzlich dazu bei, dass der Betrieb im Ackerbau verhältnismäßig autonom ist und effizient wirtschaften kann.

Der Ackerbau Rottenbauer beteiligt sich seit vielen Jahren an Stickstoff-Reduktionsprogrammen und baut seit mehr als 20 Jahren Zwischenfrüchte an, um den Nitratgehalt im Grundwasser zu senken. Außerdem ist der Betrieb Partner der „Initiative Wasserschutzbrot“:

Beim Anbau von Weizen wird auf die letzte Stickstoffdüngung verzichtet und so das Grundwasser geschont. Der sogenannte Wasserschutz-Weizen wird in regionalen Mühlen exklusiv für die Bäckereien im Projektgebiet vermahlen. Diese verarbeiten das Wasserschutz-Mehl zu hochwertigen und leckeren Backwaren. Dabei ist viel handwerkliches Geschick gefragt, da das Getreide weniger Klebereiweiß enthält als herkömmlicher Weizen.