Gut Mariaburghausen ist auf Saatgutvermehrung für zahlreiche Druschfrüchte spezialisiert. Dazu gehören Sommer- und Wintergerste, Roggen, Triticale, Winterweizen, Hafer und Ackerbohnen. Auf einem Viertel der Flächen werden Mais und Grünroggen als Ganzpflanzensilage für die Biogaserzeugung angebaut.

Aufgrund der steinigen und tonigen Böden arbeitet der Betrieb bereits seit 1996 mit dem Mulchsaatverfahren. Dabei bedecken Pflanzenreste einer Zwischenfrucht oder das Stroh der Vorfrucht vor und nach der Neuaussaat die Bodenoberfläche und schützen diese vor Erosion. Den vergleichsweise hohen Humusgehalt der Böden führt Klaus Merkel neben der Mulchsaat auch auf den Anbau von Zwischenfrüchten und die regelmäßige Ausbringung von Kompost zurück. Zur Verbesserung der Nährstoffversorgung und des Bodenlebens werden außerdem verschiedene Hilfsstoffe und Präparate eingesetzt.

Auf Gut Mariaburghausen gibt es in drei Schlägen Beetle Banks, auf Deutsch Käferbänke, auch Insektenwälle genannt. Hier wurde eine spezielle Blühmischung ausgesät, um Insekten und Spinnen einen Lebensraum zu bieten. Diesen nutzen aber auch bodenbrütende Vögel und Niederwild. Zusätzlich wurden Blühstreifen an Feldrändern angelegt. In diesen Streifen entwickeln sich Nützlinge, die von Schneckeneiern (durch Laufkäfer) bis zu Läusen die Schadpopulationen dezimieren.

Auch sogenannte „Eh da-Flächen“ tragen zu Erhalt und Förderung der Biodiversität bei, ohne landwirtschaftliche Flächen zu beanspruchen. Diese kommunalen Flächen sind „eh da“, werden aber nicht genutzt. Klaus Merkel hat zum Beispiel Blühstreifen angelegt, Holz- und Steinhaufen aufgesetzt und Insektenhotels errichtet. Bei diesem Projekt können auch die Kommunen, Städte und z. B. die Straßenbauverwaltung einen entscheidenden Beitrag zum Erhalt der Artenvielfalt leisten.